商業周刊刊載「台灣天空浩劫」談及六輕、八輕環評等文，環保署表示，該文對環境影響評估審查或監督過程或未深入了解，致有誤解。按六輕相關計畫自81年第一期計畫經環評審查通過後開始進行填海整地工程，歷經六輕二期、六輕三期及六輕四期擴建計畫，主要投資項目包含煉油廠、輕油裂解廠、相關石化廠、重機械廠、汽電共生廠、廢棄物處理廠、灰塘工程、麥寮發電廠及麥寮工業專用港等。歷年來六輕計畫因產能擴充及製程調整，總產能由六輕一期之3,769萬噸/年（乙烯產能135萬噸/年）至六輕四期之6,711萬噸/年（乙烯產能312萬噸/年），總共辦理5次環境影響說明書、3次環境影響評估報告書及10餘次變更審查，環保署皆依法辦理，並非商業周刊所稱「用一張門票，卻接連蓋了三座」，相關案件名稱如附表。
環保署表示，六輕一期環評審查通過時，環保署核定之空氣污染物排放總量為總懸浮微粒3,340噸/年、二氧化硫21,286噸/年、二氧化氮21,286噸/年及揮發性有機化合物4,302噸/年，此外在環保署審查要求下，開發單位應採行最佳可行控制技術（BACT）及最先進製程技術，俾使產能擴充，但空氣污染物排放總量不得增加。在開發單位之承諾下，六輕一至四期環評審查核定之空氣污染物排放總量為總懸浮微粒3,340噸/年、二氧化硫16,000噸/年、二氧化氮19,622噸/年及揮發性有機化合物4,302噸/年，不僅無增加，甚且二氧化硫及二氧化氮排放量均降低。由此可知，六輕產能擴充空氣污染物核定量不增加，係經環評審查要求，開發單位配合執行污染控制，並非周刊所稱「有生產量卻沒污染的神奇計畫」。
環保署表示，為落實六輕相關計畫污染減量管控，監督台塑相關企業切實依環評審查結論及承諾事項執行，於85年成立六輕監督委員會，置監督委員17人，由環保署邀集具有公信力專家學者、機關、民間環保團體及居民代表組成；監督委員會每季召開定期會議，並視需要召開專案會議，以持續監督開發單位進行污染總量之削減計畫，以及針對六輕計畫所衍生之環境效應議題，以專案會議方式進行討論，尋求改善解決之道；截至99年6月止，共召開38次定期委員會議及超過60場次專案監督會議，並無報導所稱不需要被監督情事。另最近4年來，環保署及雲林縣環保局辦理六輕相關計畫環評監督，六輕因違反環保法令，計遭處分67次、裁罰金額共計新臺幣1,655萬元，非有污染未把關情事。
至於國光石化科技公司於彰化縣海域規劃設置石化綜合廠，內容包含煉油廠、輕油裂解廠、芳香烴廠、石化中下游工廠等（即所稱八輕）。自經濟部工業局於98年5月12日轉送本案環境影響說明書至環保署迄今已逾1年，其間曾提環保署環境影響評估審查委員會第178次會議，決議：應進行第二階段環境影響評估，環保署並依環境影響評估法規定，邀機關、民間團體、專家、學者等召開範疇界定會議，規範本案第二階段環境影響評估應再深入評估之項目及範圍。
環保署表示，針對八輕之第二階段環境影響評估審查，該署力求審慎，除依慣例組成專案小組（委員、專家學者達31人）進行審查，另就外界關注之議題召開專家會議，議題包括「海岸地形變遷之模式模擬」、「中華白海豚之影響與因應」、「水源供給」、「健康風險評估」、「溫室氣體」等5項之多，這在其它環評案件中是唯一的案例，足見環保署對八輕環評審查之慎重，未有輕率處理情事。
環保署表示，八輕環境影響評估目前仍在審議中，本案專案小組已要求開發單位進行空氣污染物減量評估，並補充空氣污染物（含PM2.5）對人體健康及農、漁、牧業可能產生之影響評估結果。商業周刊所謂「1座八輕 2天將奪走1條人命」，僅係單一學者所為論述，其方法、適當性，仍待專家會議加以審查。有關該計畫空氣污染物排放、健康風險評估及其他相關議題，均屬環評委員會專案小組審查範疇，外界對開發單位評估之不同意見，應透過「專案小組」、「專家會議」之專家討論釐清，在相關結果未明確前，不宜以單一學者之論述為題作為結論引起國人對問題本質的誤解。