8月30日中國時報報導：「中科爭議 廠商：政府環評規範不明」及中研院法律研究所黃丞儀研究員投書「中科環評 見樹不見林」，環保署表示，中科三期七星農場案已由環評委員組成專案小組並就健康風險評估議題召開專家會議，逐步釐清各項問題，獲致具體結論，將提環評委員會討論。此過程並無所謂「環評規範不明」之情形，而黃研究員以沒有進入二階環評，就是「見樹不見林」的說法，則僅以表面程序看待此一開發案，忽略了環評委員的專業審查。
報導指稱「歸納七星基地爭議，廠商認為，政府環保法令不明確，才是無法說服民眾及環保團體，也無法保護廠商的最主要原因」乙節，環保署表示，水污染防治法、空氣污染防制法等相關環保法規已明定工廠、事業的各項污染物排放標準；但為維護環境永續發展，對於可能對環境有不良影響之虞的開發行為，須經由環境影響評估事先加以預防及減輕。環境影響評估過程中，各項污染物之排放除了必須符合排放標準之外，也必須就當地環境狀況加以評估考量。有些民眾或團體反對開發案，主張污染物完全不能排放；廠商則認為只要符合已公布之排放標準，就應該准其開發。而環境影響評估審查就是以科學「量化」及風險管理方式進行，必要時要求廠商必須在特定地方條件下，做到較已公布標準更佳條件下進行開發。環保署再次強調，目前中科七星基地爭議不在環評標準，而是爭議人士對於環境影響評估法第14條第1項的錯誤解釋，並忽略「行政程序法」對於目的事業主管機關核發許可所作成行政處分的相關規定所致。
另外黃研究員於文章中論述「事實上，行政部門因為便宜行事，許多重大開發案，根本連第二階段環評都進不去，在第一階段就以『有條件通過』的方式護航通過」及「像中科三期或四期，審查結論附了十幾個條件，這麼多條件豈不正說明了這些開發案『對環境將造成重大之虞』？」而指摘行政部門已陷入「見樹不見林」盲點。對此，環保署表示，凡所有一階、二階案件，環評委員都是基於環境保護職責進行審查。「有條件通過環評審查」之結論，係表示提至環評委員會審查的環評書件或參考資料，已足供環評委員在審查上作為判斷釐清本開發行為「風險評估大小」的資料，而審查結論所附條件即為環評委員在「風險大小」確定後，在「風險管理」上認為環境可接受、開發單位應採行的因應對策。換言之，在「有條件通過環評審查」的基礎上，環評委員已掌握充足之評估資料，也得以衡量出環境可接受之因應對策，開發行為在採行因應對策後，不會有「對環境有重大影響之虞」的情形，開發單位已無須再進行第二階段環境影響評估，來提供委員更多判斷資訊。因此已通過環評審查的案件，斷不可以其通過時所附條件的多少作為判斷開發計畫執行後環境影響大小的準據。開發單位確實遵守其規劃的預防與減輕措施及環評結論所附條件後，造成環境影響的實際絕對量大小，已無重大環境影響時，才是真正的判定因素。
民國83年底環境影響評估法公布施行以來，各級環保機關環境影響評估審查委員會都是依據環境影響評估法相關條文及上述原則進行審查。環境影響評估法公布施行迄民國98年底止，各級環保主管機關共受理環境影響說明書1,797件，其中有條件通過有1,346件，佔74.9%；認定不應開發有116件，占6.45%；進入二階122件，占6.79%。難道只有進入二階的122件開發計畫有真正環評程序?一階及認定不應開發的1,512件是行政部門便宜行事的結果？這是完全忽視環評委員專業審查過程及審查內容的看法。「公開說明及審查」是環境影響評估法的核心，民眾參與環境影響評估，除了環境影響評估法相關條文規定，環保署也在民國93年依據立法院決議，就相關子法進行檢討改進，使一階環評之民眾參與，與二階環評相當。公眾參與的程序已由環境影響評估相關法令加以保障，環評委員不需要幫行政部門思考民眾參與夠不夠，而是要由其專業立場，釐清環境調查評估調查資料的完整與否，及開發行為風險大小。
環保署表示，環境影響評估法施行以來，對於國家永續發展扮演極重要角色，中央及地方各縣市環評委員也恪遵職責進行專業審查。目前審查中的中科三期七星農場案亦然。開發單位中科管理局依據環境影響評估法、開發行為環境影響評估作業準則、健康風險評估技術規範等規定，舉辦多次公開說明會，審查過程中，民眾及相關團體列席旁聽及陳述意見，再就爭議性的風險評估議題，請權益各方推薦健康風險評估專家召開專家會議討論，再由環評委員就相關環境議題專業審查，99年8月25日第8次專案小組初審會議，環評委員已衡量出環境可接受之因應對策，開發行為在採行因應對策後，不會有「對環境有重大影響之虞」的情形，故建議無須再進行第二階段環境影響評估，同時提出具體結論將提環評委員會（大會）討論。倘若完全忽略這些過程，僅用本案未進入二階環評，認定環評委員審查是「見樹不見林」，實欠公允。
環保署強調，目前環境影響評估機制已運作15年餘，社會各界對環評制度主要之建言包括提升審查效率及加強民眾參與部分，環保署已透過相關法令檢討改進。是否進入二階或認定不應開發，均是環評委員會專業審查的判斷，如同黃研究員投書所提，健康價值和經濟開發的成本效益分析、風險綜合分析和累積效果評估，都將是環境影響評估重點，環評委員會也納入審慎審查。但此等議題絕非進入二階才能判斷，也不是一階就輕忽未加以考量。倘若陷入應否一階或二階之爭執，忽略審查內容，不尊重環評委員會的專業判斷餘地，則即使修改環境影響評估法，仍不能保證未來可以化解爭議。