財團法人國家政策研究基金會106年3月5日「環保署殺環境」記者會提及大潭電廠環差審查案，環保署感謝外界關心此議題，該署慎重澄清説明，本案環評審查過程，就過渡時期提前供電期間氮氧化物(NOx)排放濃度提升之質疑，在符合原環評總量、濃度亦低於法規標準及既有老舊電廠或水泥爐窯排放濃度情形下，環評委員會仍以空污減量為目標，確認既有大潭電廠氮氧化物每年減量2,401噸（調降幅度達49.5%），使整體空氣品質得以獲致改善，才通過本案審查。至於記者會提及「本案與核能發電與否關係」「駁回雲林台塑化汽電共生廠訴願」等案，均與本案無直接關聯，又環評個案倘涉有「白海豚和藻礁」議題，環保署均將堅持把關個案必須履行法令程序或面對妥處之環境議題，以符合環評預防減輕環境影響之目的。
環保署說明，台電公司「大潭電廠增建燃氣複循環機組發電計畫環境影響說明書」於103年即審查通過，預計增建3至8部總裝置容量288萬瓩±10%之燃氣複循環發電機組，氮氧化物排放總量2,741噸／年。經濟部續於105年12月5日轉送該案「環境影響差異分析報告（燃氣單循環緊急發電計畫）」至環保署審查，計劃先行設置2部總裝置容量60萬瓩之單循環機組，在原氮氧化物排放總量下，該機組氮氧化物排放濃度由8ppm調升為25ppm。環保署依該署環評初審要點規定，於106年1月4日召開專案小組初審會議，因台電公司當場無法確實回應委員有關「單循環與複循環機組關聯性（含設備、時程等）」「氮氧化物排放濃度調升之既有電廠污染減量」等詢問，故專案小組成員均建議以氮氧化物排放濃度調升為由，建議本案重辦環評，而當天會議主席詹順貴副署長亦完全尊重專案小組成員意見，直接作成「建議重辦環評」之結論，提委員會討論。
依環保署環評初審作業要點第13點規定：「初審會議如已獲致結論，應提報本會討論。」該署續將該案提106年1月18日環評委員會第307次會議討論，然在提會前，台電公司來函補充提會資料（含專案小組意見回覆及修正後環差報告），針對初審疑慮事項逐一回應，包含「單循環機組屬過渡時期提前發電性質，僅運轉至108年底，後續將加裝設備提升為複循環機組」「承諾大潭既有1-6機組分年加裝空污防制設置，使氮氧化物總排放量（4,854噸／年）逐年降至 111 年之 2,453 噸／年」「採行空品不良日降載機制」等，促使106年1月18日環評委員會中，多數委員認同本案變更得以審核修正通過，並將既有大潭電廠氮氧化物減量達49.5%（2,401噸／年）之承諾，納入本案行政處分內容。
環保署重申，大潭電廠環差審查案，係符合環保署環評審查程序，就該案過渡時期氮氧化物(NOx)排放濃度提升之質疑，雖符合原環評年排放總量，且濃度仍低於現行空污排放標準、既有老舊電廠或水泥爐窯排放濃度之情形下，環評委員會基於環評預防減輕精神，限縮影響期間為 2.5 年，且確認既有大潭電廠氮氧化物調降幅度達 49.5%，使當地整體空氣品質得以逐步獲得改善效果，才通過本案審查。
本案環評審查之目的係盡可能降低空氣品質之影響，至於「環保署殺環境」記者會提及本案與核能發電之關係等議題，屬經濟部能源政策之範疇；又有關「犠牲白海豚和藻礁」之質疑，環保署強調，倘屬環評個案審查過程必須面對或履行之議題或程序，該署均將堅持把關，如遲未開發之「觀塘工業港」案，該署即多次表示並協調經濟部落實應履行之「環境現況差異分析及對策檢討報告」送審程序，以切實評估因應可能遭遇之藻礁議題；至於「駁回雲林台塑化汽電共生廠訴願」案，與環評審查並無相關，屬不同法令程序，無須過度聯想。