雲林縣環保局10月3日於媒體指稱「雲林縣林內焚化爐仲裁案 縣政府應賠償29億」，環保署表示對於台灣地區垃圾處理，持協助各縣市解決地方事務之態度，以處理其轄區內垃圾，此一立場並未改變，於民國86年前抗爭正盛時期，希望其轄區內垃圾能於轄區內妥善處理，地方自行解讀環保署政策為一縣市一焚化爐，至以為憾。
環保署表示，自86年起推動垃圾減量、分類回收再利用及零廢棄政策成效顯著，至今垃圾量已減量達五成，環保署基於公共設施有效利用與節省公帑，積極推動區域垃圾處理計畫，研擬機制誘因，努力打破地域的障礙，協調既有焚化廠之縣市政府同意代處理鄰近縣市的垃圾，而將原定興建15座BOO/BOT垃圾焚化廠興建計畫，檢討評估修正為5座，與21座公有廠總計26廠，目前已有24廠正常運轉，環保署表示取消興建焚化廠是全民努力垃圾減量的成果，林內焚化廠是經過環保署評估應繼續興建營運之焚化廠，該廠興建已近完成，惟地方政府因合約見解爭議致未能運轉，才衍生仲裁賠償問題，環保署表示並無政策變更甚至錯誤之問題。
環保署表示林內焚化廠興建計畫，係依據「鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠作業辦法」由地方政府辦理招商，採建設－營運－擁有（Build-Operate-Own,簡稱BOO）模式，由公民營機構辦理籌資、設計、製造、安裝及試車一座焚化廠，並負責其操作維護。合約是由雲林縣政府簽訂，環保署並未介入，仲裁結果賠償問題亦應由縣政府自行負責。