中國時報5月16日A14版刊載建築學者漢寶德先生「聞環評色變 怎會這樣」一文，針對環境影響評估提出三層次問題，環保署回應如下：
一、 第一層次的政府單位之間立場問題。因環境影響評估是為預防及減輕開發行為對環境造成不良影響，使得追求開發之際得以兼顧環境保護，特別是先進國家是由開發單位的目的事業主管機關審查環評報告，就制度而言沒有對立的問題。但是到了我國改由環保主管機關審查環評報告，出現了一些問題。
二、 第二層次的評估實質標準問題。目前的標準，在國家公園的集合住宅及旅館都要做環評。實際上，是否要環評的認定標準是以類別、區位及規模三方面綜合考量後，當開發行為再該類別再特定區位及規模以上，其影響會相當大的程度時，即須辦理環境影響評估，並非只依建築類別做單一因素考量。而且認定標準訂有擴建及累積的規定，所以不會有開發商只要每次開闢一公頃就可避過環評的問題。
三、 第三層次的作業方式問題。目前兩階段環評的設計，在實際運作上幾乎沒有界限，係因第一階段審查時，常因開發單位提出之環境影響評估書件品質不佳，原應由目的事業主管機關事先釐清的事項，於執行環境影響評估審核時，才被要求處理，委員只得要求補件及再次續審情形，因而拉長審查時間。目前本署已依行政院指示，研提加強目的事業主管機關在環境影響評估過程中的參與程度，讓目的事業主管機關提早負起輔導環評書件品質的責任，提升環評審查效率。
至於文末提到環評是委員會制，官員沒有發言權，是逃避責任問題，與林所長一文相互呼應。林文認為環評委員會無憑無法就無名無狀擁有的同意權、決定權與否決權，完全架空了行政官員職權責任，使國家治理的三權分立的制衡原理原則，為之被破壞殆盡。
事實上，此現象導因於我國環境影響評估法(簡稱環評法)南橘北枳的設計。我國環評制度，環評法第7條、第13 條明定，環境影響說明書及環境影響評估報告書由主管機關審查；環評法第3條第1項規定，環保主管機關為「審查」環評事項，應設環評審查委員會；環評法第14條規定，經環保主管機關「審查」認定「不應開發」者，目的事業主管機關不得為開發許可之規定。因此環評法施行細則第43條明定，環保主管機關審查環境影響說明書或評估書作成之審查結論，內容應涵括「認定不應開發」。環評法第3條第2項又規定，目的事業主管機關為開發單位時，目的事業主管機關委員應「迴避」表決，顯係設計其應「迴避」是否「認定不應開發」之表決。
由上述條文規定的「審查」、「認定不應開發」、「表決」及「迴避」連串規定相關性顯示之立法旨意，環評法賦予環評審查委員會已非僅止於專業諮詢角色，尚包括作成「認定不應開發」之「審查結論」，否則即無「迴避表決」之必要。環保署長在環評委員會不是沒有發言權，而是與其他二十位委員一樣，表決時只有投一票的權利。
如要將環評審查委員會定位為「只諮詢對話建言」、「不參贊亦不決策」的屬性，則涉及環評法的修改。各界咸認為開發行為准駁的決策必須同時考量社會、經濟、環境三大面向，但這三大面向究應在環境影響評估中，仍然遵照立法院審定的由環保機關來考量及否決，或是回歸原來環保署在民國79年送請立法院審議的環評法草案時，參照多數國外先進國家的制度，由核發開發許可的目的事業主管機關，基於責任政治的原理，將環評審查過程發現的事實納入，綜合考量此三大面向，包括環境影響的因素後，作為開發計畫准駁之依據，並負責對外說明准駁之道理，確實值得再予細究。
我國環評法自施行以來對預防及減輕開發行造成的環境不良影響，起了相當大的作用。但隨著社會多元化的演進及我國法制進步必須面對的許多挑戰，例如環保機關代替目的事業主管機關做否決之決策，有違責任政治原理，且環境影響評估由環保機關進行，使目的事業主管機關認為環境因素屬於環保機關之責任。此一思維，長久下來，造成各機關不需積極面對環境問題的現象，因為目的事業主管機關的決策高層失去與環保權益相關者在環評審查的公眾參與過程互動機會，而失去深入了解環保基本邏輯與形成細緻雙贏開發的創意作為，並失去快速朝向符合永續發展方向的成長動力等，都是制度面極須檢討的地方。