環保署表示，我國公害糾紛處理機制已建立近十七年，各縣市「公害糾紛調處委員會」都調處過許多公害糾紛案件，高雄縣亦調處過21件，機制完善而成熟。根據這套機制，當地方「調處委員會」調處不成，受害人仍可申請中央「公害糾紛裁決委員會」裁決，就像法院三審三級制，應逐級處理，因此高雄縣大寮空汙事件的賠償糾紛，不宜鼓動民眾對立情緒，也不必演變成地方政府與中央政府互踢皮球，只要各級政府依「公害糾紛處理法」既有機制確實負起責任，受害民眾的權益就能獲得最充分保障。
近日部分媒體報導，高雄縣政府認為「應由中央主導賠償事宜，不應踢皮球」、「縣府會積極協助只是幫忙協調，但卻公親變成事主」。然而環保署指出，只要是政府就不能置身事外，都是「事主」，而非「公親」。但政府單位也非公害糾紛的「肇事者、加害人」，應勇於負責，不必退避三舍。
環保署指出，由於既有機制成熟，各縣市早已各自成立「公害糾紛調處委員會」，聘有專家學者、公正人士為委員，縣市首長則依法擔任主委，遇公害糾紛無法紓處和解時，只要儘速展開「調處委員會」運作，委員會就會展開證據調查，必要時並委請專家或學術單位鑑定責任，俾使「元兇」水落石出。亦即各縣市「公害糾紛調處委員會」遇公害糾紛時必須先行運作。
以高雄縣為例，「公害糾紛調處委員會」成立至今已調處過21個案件，其中一半的案子藉由調處即已解決問題，其餘10件調處不成，經向環保署「公害糾紛裁決委員會」申請裁決而獲解決。如83年2月中油林園廠排放廢氣導致民眾養殖蘭花受損，調處不成，最後經環保署裁決委員會裁決，中油應賠償該民眾64萬多元。
91年5月，高雄縣漁民認為台電興達火力發電廠溫排水汙染海域，導致漁獲減少，漁民155 人向高雄縣公害糾紛調處委員會申請調處，最後進入裁決而獲結果。
環保署指出，如果公害糾紛在縣市調處委員會或環保署裁決委員會階段，就為雙方接受，則地方的「調處書」或中央的「裁決書」經法院審核後，就具有判決的效力，甚至可以強制執行。因此這次受空氣汙染之害的大寮居民應充分利用這套完善的機制。
環保署強調，大寮事件的協調會已經就金錢賠償以外的部分達成協議，未來有關金錢賠償事宜，勢必要依法走上調處或裁決之路，如果未經地方政府的調處委員會調處，中央裁決委員會也無法受理。就如同「訴訟案件必須先向地方法院提出告訴」一樣，企盼高雄縣政府「公害糾紛調處委員會」儘速展開運作，協助受害民眾依法走上求償之路。
目前公高雄縣已初步依「公害糾紛處理法」成立「公害糾紛緊急紓處小組」運作中，但涉及金錢賠償部分，高雄縣政府仍必須啟動「公害糾紛調處委員會」運作。
接下來環保署將督請高雄縣公害糾紛緊急紓處小組針對偶發性及經常性污染，分為下列兩部分處理：
一、此次突發性污染住院師生村民賠償部分：目前已查出有嫌疑的七家廠商，依過去已有的公害糾紛裁決案例，都可能成為民眾損害求償對象。環保署已提供有關公害事件舉證責任轉換之裁決案例資料，供高雄縣政府參考。
二、經常性污染部分：居民訴求每人索償10萬元，因無具體損害證據，屬補償、回饋範疇，且對象為整個工業區廠商。環保署將函請高雄縣紓處小組輔導雙方當事人依公害糾紛處理法第30條第2項規定「事業得與所在地居民或地方政府簽訂環境保護協定，防止公害之發生」，積極輔導雙方簽訂環境保護協定，包含適當之回饋，以息紛爭，並防止公害之發生。